Y. pestis được khám phá vào năm 1894 do công của bác sĩ và nhà vi khuẩn học người Pháp Alexandre Yersin trong trận dịch của bệnh dịch hạch tại Hồng Kông. Yersin là thành viên của "trường phái Pasteur". Shibasaburo Kitasato, một nhà vi khuẩn học người Nhật được huấn luyện tại Đức, thuộc "trường phái Koch" đối thủ, lúc bấy giờ cũng tham gia tìm tác nhân gây bệnh của dịch hạch. Tuy nhiên chính Yersin là người đã liên kết bệnh dịch hạch với Yersinia pestis. Vi khuẩn này lúc đầu được gọi là Pasteurella pestis, và sau đó được đặt lại tên theo tên của Yersin.